转基因玉米是利用现代分子生物技术，把种属关系十分遥远且有用植物的基因导入需要改良的玉米遗传物质中，并使其后代体现出人们所追求的具有稳定遗传性状的玉米。转基因技术是生产转基因玉米的核心技术，是利用DNA重组技术，将外源基因转移到受体生物中，使之产生定向的、稳定遗传的改变，也就是使得新的受体生物获得新的性状。
自转基因玉米问世以来，虽然它的某些改良性状可以符合人们的要求，但是它的安全性仍然饱受争议。科学家及各国政府也对转基因玉米持有不同态度。
截止12月19日，深圳、福建、山东、广东、浙江、厦门等口岸检验检疫机构，相继从12批54.5万吨美国输华玉米中，检出含有未经我国农业部批准的MIR162转基因成分。各口岸检验检疫机构已依法对这12批54.5万吨进口美国输华玉米作退货处理。
孟山都公司在2003年对该杂交品种曾进行了42天的雏鸡喂养实验，虽然实验发现了在鸡的翅膀重量等方面有显著不同，但当时却被孟山都公司判定为“生物学上不显著”。
法国科学家经过对小白鼠长达两年的实验，发现这批被转基因玉米喂养的老鼠普遍患上肿瘤，并有多器官衰竭的症状。法国卡昂大学教授塞拉利尼领导的这个团队表示，这批200个实验鼠的食物主要是孟山都公司新推出的“NK603”转基因玉米。研究者称，做实验的这批小白鼠普遍患上乳腺癌，并出现肝脏衰竭现象。50%的雄鼠和70%的雌鼠提前死亡。该研究强调，这是首次在长达两年以上只吃转基因谷物的实验鼠身上得出的成果，通常在白鼠身上进行的实验往往只持续90天。研究结果公布后，孟山都公司法国总部称：“我们还需要请专家对研究结果做评估，现在做出评论为时过早。此前所做的超过300次实验都证明是安全的。”
奥地利研究人员发现，长期食用MON810型转基因玉米可能会影响老鼠的生育能力。研究显示，长期食用这种玉米的实验鼠生育能力会降低，而且出现后代重量轻、体质弱等特点。奥地利卫生及食品安全局公布了有关研究结果。这项研究是受奥地利卫生部委托，并由维也纳兽医大学负责实施的。研究旨在探索长期食用转基因玉米饲料是否会对老鼠身体造成影响。
研究人员将实验鼠分为两组，一组用添加了MON810型转基因玉米的饲料喂养，另一组则用添加了奥地利本地普通玉米的饲料喂养。20周后研究人员发现，两组实验鼠产下的后代出现了差异，用转基因玉米喂养的实验鼠产仔数量减少，幼鼠的体重也偏轻、体质较弱。又经过几代的繁殖养育，一直用转基因玉米喂养的雌鼠的生殖器官也出现了一些变化。研究人员指出，这一研究结果还仅适用于实验鼠，不能简单断言它同样适用于其他动物和人类。转基因玉米是否会对其他动物和人类的生育能力造成影响仍需进一步研究。
2012年9月，国际学术期刊《食品化学毒物学》刊发的一篇关于转基因玉米致癌的文章，引发公众对转基因作物的恐慌，也被反转基因人士奉为至宝。但是，这篇论文发表后不久，就遭到科学界质疑。2013年11月29日，这篇研究方法和结论皆存在严重问题的论文，被正式撤稿。
2013年11月29日，《食品化学毒物学》的出版商荷兰Elsevier集团正式对外发布撤稿声明。声明指出，该论文现有数据不足以得出如今的结论，因此并未达到发表的标准。而此前，这篇论文发表后，仅正式提出反对意见并被《食品化学毒物学》当做“读者来信”发表的就有10多篇。
首先是毒性问题。一些研究学者觉得，对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。
其次是过敏反应问题。对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏，比如：科学家将玉米的某一段基因加入到核桃、小麦和贝类动物的基因中，蛋白质也随基因加了进去，那么，以前吃玉米过敏的人就可能对这些核桃、小麦和贝类食品过敏。
第三是营养问题。科学家们认为外来基因会以一种人们还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分。
第四是对抗生素的抵抗作用。当科学家把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性。
第五是对环境的威胁。在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一次实验室研究中，一种蝴蝶的幼虫在吃了含杆菌基因的马利筋属植物的花粉之后，产生了死亡或不正常发育的现象，这引起了生态学家们的另一种担心，那些不在改良范围以内的其它物种有可能成为改良物种的受害者。
最后，生物学家们担心为了培养一些更具优良特性，比如说具有更强的抗病虫害能力和抗旱能力等，而对农作物进行的改良，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种。
早在2004年和2005年，中国已经批准进口这两种孟山都公司的转基因玉米。2009年7月9日，国务院总理在国务院常务会议上审议并原则通过了转基因生物新品种培育科技重大专项，这中间还包括在2020年前共200亿元的转基因研究专项资金。
2010年上海世博会期间中国严格检测食品中转基因成份、有毒有害于人体健康的物质、病原体，保证前来参会的各国人士的食品安全和生命健康。同时农业部专家力推未来3至5年内将转基因主粮推上中国人的餐桌。
2010年1月，根据农业部生物安全网公布的审核信息，此次获准的转基因水稻、玉米分别是华中农业大学申报的转抗虫基因水稻“华恢1号”、“Bt汕优63”和中国农科院申报的转植酸酶基因玉米BVLA430101。安全证书的有限期均为2009年8月17日至2014年8月17日。两个产品分别限在湖北省和山东省生产应用。
广西已经和美国的孟山都公司从2001年至今在广西推广了上千万亩“迪卡”系列转基因玉米。玉米作为广西水稻后第二大主食的农作物，至今还是广西5000万人中1000万人必不可少的主要口粮。玉米在美国只是作为工业原料来种植。广西广大农民在不知情的情况下种了1026万亩。
2013年11月8日，国家质量监督检验检疫总局证实批准进口巴西玉米的消息。有必要注意一下的是，巴西是全球第三大转基因玉米产地。至此全球前三大转基因玉米生产国的玉米已全部获批进入中国。有分析称，这或意味着，转基因食品入华的节奏将加快。
1998至2003年欧洲未批准任何一种新的转基因食品进入流通市场。2009年5月之前MON810转基因玉米，是欧盟唯一允许种植的转基因作物，面积约10万公顷，相当于欧盟耕地面积的0.36%。2008年至2009年，法国政府、德国、希腊、匈牙利、卢森堡、奥地利下达了禁令，禁止种植MON810转基因玉米。
欧洲一些环保团体认为，转基因作物可能对人类健康和环境能够造成危害，但始终没长期的大规模研究成果作为依据。在欧洲，并不种植NK603，只会进口这种转基因玉米作为饲料，这一研究报告可能会引起欧盟禁止进口这种转基因谷物。只有孟山都公司研发的MON810型转基因玉米在欧洲获得了种植许可。
2012年2月，法国政府向欧盟委员会提交新的意见书，申请停止批准种植美国孟山都公司研发的MON810转基因玉米。2014年5月5日，法国参议院上院通过法案，禁止在法国种植转基因玉米。
2010年，中粮集团14年来首次大规模进口约6万吨的转基因玉米，舆论一片哗然。但这得到了国家发改委的支持。后者当时称，中国允许进口11种转基因玉米，并且只允许用于饲料加工。
2013年11月29日，国家质检总局曾表示，深圳出入境检验检疫局在对一船进口美国玉米实施检验检疫中检出MIR162转基因成分，对其进行退运处理，涉及玉米达6万多吨。深圳口岸被检出含有MIR162转基因成分玉米的进口商包括中粮集团，还有一些其他企业。
这一消息得到了中粮集团的证实。中粮集团于2013年11月15日收到深圳出入境检验检疫局对抵达蛇口港的MV PEDHOULAS BUILDER轮的《检验检疫处理通知书》，并于12月2日收到福州出入境检验检疫局对抵达福州松下港口MV YONG LI轮的《检验检疫处理通知书》。
通知书称，由于以上两批次进口美国玉米检出转基因成分MIR162，依据国家有关法律法规，做退货处理。
2013年12月4日，福建、深圳、山东出入境检验检疫局又相继从5批进口美国玉米中检出MIR162转基因成分，共计约12万吨，并作出了退运处理。
2013年12月，中国允许进口的转基因玉米有12种。转基因玉米的用途不再限于饲料加工，国内进口商申报的用途也包括工业和储备粮等。
2013年12月4日，国家质检总局发布福建、深圳、山东出入境检验检疫局又相继从5批进口美国玉米中检出MIR162转基因成分，共计约12万吨，并作出了退运处理。
2013年12月6日，质检总局已将有关情况通报美方，要求其通报美玉米出口商加强出口前检验，保证美国进口玉米符合中国法律和法规要求和质量安全标准。
虽然中国已经给进口玉米掀开了一个口子，但是该不该进口，任旧存在激烈争议，而且两派的观点都是以“粮食安全”为主要理由。反对进口的一派以大豆为前车之鉴，强调避免玉米重蹈大豆覆辙关乎中国粮食安全和稳定；支持进口的一派则认为，利用国际上便宜的粮食平抑国内粮价波动，同样是维持粮食安全的重要举措。
方立锋说：“对转基因技术的安全性研究时，这些生物公司有自己的意见。我们鼓励中国政府充分考虑到转基因技术的长期安全性以及该技术涉及的知识产权隐患，将更多的资源投入到长期安全性的更彻底研究中，而不是仓促推动转基因技术的商业化。”
中国农业大学食品学院副院长黄昆表示，转基因产品的安全与否不能一概而论，评价转基因产品的原则是个案分析。因为不同的转基因食品有不同的特殊技术，需要具体问题具体分析。另外，黄昆仑表示，转基因技术也无法用利大还是弊大来衡量，因为这项技术是一个中性技术，但是随着转基因技术的逐渐发展以及评估技术的成熟，转基因技术未来将会在农业和医学上大放异彩，安全性也会慢慢的高。
2013年9月7日上午，在工程院院士戴景瑞等专家带领下，二十多名主动报名的网友来到中国农大玉米试验基地采摘转基因玉米，并煮熟品尝。活动发起人方舟子称，品尝转基因玉米虽无研究价值，但有科普价值，应创造条件让国人可以天天吃转基因食品。方舟子表示，网上流传的“吃转基因玉米后老鼠长肿瘤”等，都是针对转基因食品的谣言。
质检总局官方网站2013年12月20日公布消息称，截止到2013年12月19日，我国出入境检验检疫机构已相继从12批共54.5万吨美国输华玉米中，检出含有未经我国农业部批准的MIR162转基因成分。这12批含转基因成分的美国输华玉米分别由深圳、福建、山东、广东、浙江、厦门等口岸检验检疫机构检出，各口岸已依法作退货处理。
据悉，质检总局已将最新情况再次通报美方，要求美方加强对输华玉米的产地来源、运输及仓储等环节的管控，避免输华玉米被未经我国农业部安全评估并批准的转基因品系污染。
2014年1月13日，美国农业部部长维尔萨克称，中国上周为一些到期的转基因玉米重新发放进口许可，这是一个“令人振奋”的信号，预示中美将很快解决一种未获准进口的转基因玉米导致的贸易纠纷。
“这些是重新发放，不是新的许可，但是对那些等了很久的企业来说仍令人欣慰，”维尔萨克对记者说道。“这些重新发放的许可证在部长们的办公桌上放了一段时间，因此这是一个正面的进展。”
据法国《观点报》2014年3月15日报道，法国农业部于3月15日在官方媒体公布一项政令，禁止在法国种植、使用及销售美国孟山都公司研发的MON810转基因玉米。根据政令，MON810转基因玉米的各类种子均不得在法国境内种植、使用及销售，直到最终决议及欧盟有关政策出台。
报道称，法国国民议会原定于4月10日就一项关于禁止在法国种植转基因玉米的法案展开讨论。但是法国农业部表示，由于播种期临近，颁布转基因玉米培养种植禁令迫在眉睫。政令指出，根据预防原则，应该出台相关限制性措施。该政令指出，可靠科学数据及国际最新研究根据结果得出，在缺乏适当管理的情况下，种植MON810转基因玉米的各类种子可能会给环境带来严重威胁，并造成具有抵抗力的有害生物广泛蔓延。
